1949年2月设秦集小乡，属凤阳县宫集区管辖。

1952年划归怀远县马城区。

1956年撤区并乡，由仁和、仲集、钟井、秦集4个小乡合并成立秦集大乡。

1958年8月划归蚌埠郊区管辖，改称秦集人民公社。

1980年3月，仲集、仁和、大孔、姜顾4个村划出单独成立仁和公社。

1984年1月撤销仁和公社时，仲集、仁和、大孔、姜顾4个村归还秦集原建制。

同年，为管好用好天河水面，省政府批准凤阳宫集乡的高埂、河北和怀远县庙前乡的广德3个村，郊区秦集乡的枣林、九塘、大孔、西朱4个村，怀远县天河沿岸9个村，共16个村成立天河乡。

1992年撤区并乡时，天河乡并入秦集乡。

2001年9月，秦集乡改称秦集镇。

2003年辖25个村民委员会。

2004年2月区划调整，划归禹会区管辖，仲集村划归蚌山区燕山乡管辖。

2007年，该镇冯东、冯西2村合并为冯嘴村，镇辖23个村民委员会。

2020年6月，秦集镇辖1个社区、29个行政村。