现上庄地域历史上长期隶属于昌平县。

西郊农场前身彰化农场系1949年11月建立，场部设在彰化村（今四季青南部），1954年4月改为现名。

1956年3月，白水洼乡成立。

1958年5月，西郊农场场部迁至上庄村村南（属白水洼乡）。

1958年9月1日，现乡域并入昌平区先锋人民公社。

10月，原白水洼乡大部（除东坨）、苏家坨乡等地划归海淀区，并入10月7日新成立的海淀区永丰人民公社。

1961年4月，永丰公社撤销，在现乡域成立上庄人民公社。

与国营西郊农场实行场乡合一的行政体制。

1984年4月4日，上庄公社改乡，乡政府与西郊农场合署办公。

1998年11月，乡与农场分离。

2003年8月，撤上庄乡设立上庄镇。