民国二十八年（1939年）至1950年4月，甲子镇属琼山县第五区。

1950年5月，属琼山第二区。

1957年，甲子乡、长昌乡、文昌乡、新昌乡合并为甲子大乡。

1958年9月，并入三门坡公社。

1959年7月，分社后属谭文公社。

1961年3月，从谭文公社再分出成立甲子公社。

1983年3月，撤社建区，设甲子区公所。

1987年3月，改称甲子镇，隶属琼山县管辖。

1994年1月，琼山撤县设市，隶属琼山市管辖。

2002年7月15日，新民乡与甲子镇合并，设立甲子镇。

2002年10月16日，撤销琼山市，设立海口市琼山区，甲子镇隶属琼山区管辖。