清初，分属齐齐哈尔、墨尔根副都统辖区，为布特哈总管所属游牧区。

清康熙三十年（1691），由布特哈总管管理该处八旗事宜。

清光绪二十年（1894）布特哈总管改设副都统，将布特哈副都统衙门移驻博尔多站（今讷河老站）。

清光绪三十二年（1906）属东布特哈，并于博尔多站东北1公里处建立街基筑城。

清宣统二年（1910）设置讷河直隶厅，隶属黑龙江行省。

中华民国成立后，1913年1月28日，将讷河厅改为讷河县。

1914年8月，将讷河县划归龙江道管辖。

1915年3月，将讷河县东部地区划出设置克山设治局。

1929年2月，裁撤道区建制后，改由省直辖。

东北沦陷后，初隶黑龙江省，1934年12月划归龙江省管辖。

1945年“九三”抗日战争胜利后，隶属嫩江省管辖。

1949年5月，黑、嫩两省合并后，划归黑龙江省管辖。

1954年8月设立嫩江专区后，归嫩江专区管辖。

1960年5月至1961年10月，嫩江专区曾一度撤销时，划归齐齐哈尔市领导。

1985年1月1日，正式撤销嫩江地区，划归齐齐哈尔市领导。

1992年9月2日，国务院批准，撤销讷河县，设立讷河市（县级），改由省直辖，省政府确定由齐齐哈尔市代管。

名称沿用至今。