1930年已形成聚落。

东北沦陷后，属铁骊县管辖。

1939年4月，设神树村。

1943年7月，属庆安县。

1946年恢复铁骊县，设立神树区。

1951年9月，改称铁骊县第三区。

1955年5月，又改为神树区。

1956年全县并村划乡，神树为14个乡之一。

同年11月，属铁力县。

1958年3月，将圣浪乡并入神树乡。

同年9月，改神树公社，隶属庆安县。

1962年10月铁力恢复县制，神树公社重归铁力县管辖。

1964年，将神树公社改为神树镇公社。

1965年又恢复为神树公社。

1977年1月，神树公社改为神树镇。

1988年，属铁力市。

2001年3月，神树镇并入桃山镇。

2018年5月恢复神树镇。