南朝宋文帝元嘉二十五年（448年），岐亭镇境域设为赤亭县。

隋唐时期，改称龙集县。

宋朝时期，废龙集县为镇，属麻城县治。

明嘉靖十年（1531年），在此设置通州府。

清康熙年间，黄州府在此设同知，建“清军府”“吉补府”，民间称“二府”。

辛亥革命，撤二府设岐亭为地方自治州。

民国十七年（1928年），划岐亭为区。

1985年，为区辖镇。

1987年9月，撤区并乡，将原宋埠区所辖的李钊乡、杨畈乡、大塘乡、岐亭镇合并为岐亭镇。