明代中、后期为土默特部落之一的满官嗔部驻牧地。

清代，形成村落，蒙古族属土默特右翼旗6甲管辖，汉族属萨拉齐厅的北乡管辖。

民国三年（1914年），蒙古族属土默特右翼旗6甲管辖，汉族属萨拉齐县的第1区管辖。

民国二十七年（1938年），蒙古族属日伪土默特右翼旗6甲管辖，汉族属日伪萨拉齐县德泽乡管辖。

民国三十五年（1946年），蒙古族属土默特特别旗第6自治督导处管辖，汉族属萨拉齐县友三乡管辖。

1954年3月，土默特旗第6区并入萨拉齐县，辖境蒙汉人民均属萨拉齐县第1区管辖。

1956年，撤区划乡，划为沟门乡。

1958年，随着萨拉齐县并入土默特旗，公社化时属太阳公社。

1959年4月，太阳公社更名萨拉齐公社。

1961年9月，从萨拉齐公社分出，设立沟门公社。

1984年9月，沟门公社改沟门乡。

2001年4月，沟门乡改沟门镇，原耳沁尧乡、公山湾乡7行政村划归沟门镇，由九峰山管委会代管。