民国三十年（1941年），设郭镇，辖9保。

1949年12月，建立郭镇区，辖10个乡。

1957年，区划调整时将大南峪乡划归甘肃省康县，将甘肃省的史家河、谭家庄、裴家庄、罗义沟村划归郭镇区。

1958年，成立郭镇公社，辖5个管理区。

1961年，又恢复郭镇区，各管理区建立公社。

1996年5月，撤区并乡，将原来的郭镇、坪沟、干河坝、吴家河一镇三乡合并为郭镇，将原郭镇区的木瓜院乡并入药木院乡。

2001年12月，将原木瓜院片区的7个村并入郭镇。