1951年，属巴中县石城乡管辖。

1958年，设立方山管理区，又称第三管区。

1962年，更名为方山生产大队，简称方山大队，又称三大队。

1969年，更名为方山大队革命委员会。

1981年，复名方山生产大队。

1984年，全国实行政社分设，撤销方山生产大队，设立方山村村民委员会，简称方山村村委会。

1993年，属巴中市（县级）石城乡管辖。

2000年，属巴中市巴州区石城乡管辖。

2013年，属巴中市恩阳区石城乡管辖，2019年，撤销方山村所属行政区域划归登科街道管辖，沿用至今。