汉代为车师前国地，神爵三年（前59）属西域都护府。

南北朝为高昌国。

唐贞观十四年（公元640）年设西州。

唐咸通七年（公元866）建立高昌回鹘王国至元朝。

元末，吐鲁番分设柳城、火州、吐鲁番三个万户府达鲁花赤。

光绪十年（1884）改设吐鲁番直隶厅。

1913年吐鲁番直隶厅改为吐鲁番县（含托克逊）隶迪化道。

1975年成立吐鲁番地区，辖吐鲁番、鄯善和托克逊3县。

1985年吐鲁番县改市。

2015年撤地设市更名为吐鲁番市，沿用至今。