7世纪前，申扎地方在区域上属象雄。

7世纪中叶，吐蕃征服象雄后归入吐蕃。

9世纪中叶后，该地区由钦珠多吉地方首领管辖。

明崇祯十五年（1642），噶丹颇章政权建立后，申扎地方归其管理。

当地头人常常抗纳差税，西藏地方政府下令废除那仓第巴政权，设“那仓宗”，由西藏地方政府直接委派宗本管理。

清嘉庆二十四年（1819），那仓宗被列为当时西藏十个主要宗之一。

清咸丰六年（1856），那仓宗更名为申扎宗。

由西藏地方政府直接管辖。

根据《十七条协议》，西藏的现行政治制度不予变更，仍维持西藏地方政府的统治。

1959年3月，西藏上层反动集团发动了武装叛乱，为了维护党和人民的根本利益，驻藏人民解放军奉命平叛，黑河军队政管制委员会派出军事代表和工作队进驻申扎，负责平叛和改革工作。

1959年8月，成立中共申扎县委和县人民政府。

1960年1月，经国务院正式批准，撤销申扎宗，设置申扎县，隶属那曲专区。

下设申扎、卓瓦、文部、来多、吉瓦、甲谷、马窑、雄梅、巴札9个区，47个乡。

1970年，改属那曲地区。

1989年原辖的3个区撤销，将20个乡撤并为8个乡。

2002年，将8个乡调整为申扎镇、雄梅镇2个镇，下过乡、恰乡等6个乡。

2017年，经国务院批准，撤销那曲地区，设立地级那曲市，申扎县隶属那曲市管辖。