明隆庆四年（1570年），划12版纳，尚勇属勐腊勐棒版纳。

清光绪三十二年（1896年），属勐腊土把总。

民国元年（1912年），属第五区。

民国十六年（1927年）8月，属镇越县。

民国二十二年（1933年），属第二区。

1953年1月23日，成立西双版纳自治区后，取消县治，属版纳勐腊，尚勇是第七。

1969年5月，原尚勇区改为前哨公社。

1984年，复建区。

1988年2月，尚勇区勇乡。

1997年2月，尚勇乡与磨憨口岸合并为磨憨镇。

2001年5月，根据省政府现场办公会精神，磨憨边境贸易区挂牌设立。

2006年9月，磨憨边境贸易区更名为“云南西双版纳磨憨经济开发区”。

2011年6月29日，举行尚勇镇划归磨憨经济开发区签字仪式，尚勇镇正式划归磨憨经济开发区。

2016年8月31日，磨憨镇正式恢复建制，划归勐腊县管理。

2022年5月，磨憨镇由昆明市托管。