三都镇现域，按南宋淳熙《严州图经》记载，其时（1174—1189）为建德县新亭乡属地；宋末推行都图制后，为建德县二、三、四3个都的属地；清雍正六年（1728）为建德县杨家、上公、下公、梓里、洪岭、里周等庄的属地。

1912年，系建德县泰明区属地。

1932年，设置有三都镇。

1935年，完成乡镇整顿后，为三都镇和杨家、和溪、梓镇、青云、周雅等乡的属地。

解放前后，为三都、前源、洪岭3个乡的属地。

1950年划建小乡后，为三都、小里、梓里、前源、洋峨、洪岭等乡的属地。

1956年并乡后，为三都、前源、洪岭、梓里（1957年增设）乡的属地。

1958年9月，分属三都公社、洪岭公社；1959年底属三都公社。

1961年分属三都、梓里、洪岭（1981年改称凤凰）、前源等公社。

1983年先后改乡。

1985年7月三都撤乡设镇，1992年撤销梓里乡、前源乡、三都镇，新设三都镇；2005年原凤凰乡并入。