南宋咸淳间(1265-1274)属於潜县潜川乡，明成化间(1465-1487)属潜川后乡，清嘉庆十七年(1-812)亦属潜川后乡。

民国初属紫溪乡，民国21年(1932)马头山属里家乡，民国27年(1938)属紫云乡，民国36年(1947)属紫云乡至解放。

1950年为青山乡沈家村.1958年为昌化县潜川公社青山管理区马山生产队.1960年9月属临安县.1961年为潜川公社马山生产大队.1972年为马山公社马山大队.1984年为马山乡马山村.2001年属潜川镇。

2007年村规模调整，马山村规模不变，辖3个自然村。