清时属崇政乡。

1929年属北港镇五十都。

1941年属水头区。

1949年属南雁区晓坑乡。

1950年从晓坑乡分出成立怀溪乡，属山门区。

1952年划金山等8个村设怀溪乡，划南山等9个村建曹门乡；晓坑乡又分出洪山乡。

1956年曹门乡并入怀溪乡，洪山乡并入晓坑乡。

1958年分别为山门公社怀溪、晓坑、晓阳大队（管理区）。

1961年建立怀溪、晓坑、晓阳公社，隶山门区。

1983年晓坑公社改为乡；1984年怀溪、晓阳公社改为乡，隶属不变。

1992年晓阳乡并入晓坑乡。

2011年晓坑、怀溪2个乡并入山门镇。

2016年晓坑、怀溪社区从山门镇划出，成立怀溪镇。