仁庄清时属四都，民国时期为四内，四外乡。

1949年6月、9月，四内乡、四外乡人民政府分别建立。

1950年8月，撤四内乡分设吴岸、南木宕乡；撤四外乡分设五源、罗溪乡。

1952年4月，五源乡政府称垟心乡，撤南木宕乡分设小令乡、孙山乡；增设仁庄、西天乡。

1956年4月，西天乡并入吴岸乡，罗溪乡并入仁庄乡。

1958年11月，各乡改称管理区。

1962年各管理区改称人民公社。

1981年孙山公社并入小令公社。

1983年11月恢复乡建制，属仁庄村，1992年5月，小令、垟心、吴岸3乡并入仁庄乡。

1998年1月，升格为仁庄镇。