宋、元属来暮乡。

明弘治《温州府志》卷六载：“来暮乡，在县西南四十里。”明嘉靖年间属来暮乡三十六、三十七、三十八都。

1930年设来安区。

1931年设马屿乡。

龟、蛇二山原为岛屿，形似马鞍，合称“马屿”，故名。

1935年分属来安乡、沿厚乡。

1946年置马屿镇。

1952年分置马屿镇及马屿乡。

1956年凤鸣、篁社、马屿３个乡并入马屿镇。

是年10月，析置凤鸣乡、望社乡。

1961年改人民公社。

1984年复为马屿乡。

1984年撤乡建镇。

1992年江浦乡、清垟乡并入。

1949--1992年为马屿区公所驻地。

2000年篁社镇并入。

2011年曹村镇与梅屿、大南、顺泰３个乡并入，形成现今之政区范围。